紫外线消毒技术在工程应用中也存在一定的缺点，主要有以下几个方面：

　　(1) 无持续杀菌能力，消毒后的水如果遇到新的污染源，会再次被污染，需与氯配合使用;

　　(2) 浊度及水中悬浮物对紫外杀菌有较大影响，降低消毒效果;

　　(3) 紫外灯套管容易结垢，影响紫外光的透出和杀菌效果，因此需要对套管进行定期的清洗以及采取表面降温措施来防止管垢的形成;

　　(4) 细菌的复活现象，一些细菌被紫外照射失活的病毒细菌可通过光的协助修复自身被破坏的组织，达到复活目的，另外一些细菌可能存在着暗复活现象(无需光照);